比較而言，在Morris水迷宮中，小鼠（C57BL/6株）的成績沒有大鼠好（Long-Evans株）[40,41]。這并不是因為小鼠的空間學習記憶能力差，而是在游泳池內小鼠的空間學習能力可能受到某些非空間因素的阻礙，如游泳的路徑不直，游泳時昂頭更劇[41]。為此，有人認為[41]：a. 在以水為基礎的任務中，不要將小鼠的成績與大鼠的成績匹配，否則會引起混淆。但是，如果熟知了任務的局限性，該任務還是可用于小鼠的檢測；b. 在陸地任務中，尤其是動物的運動性受到臂的限制的任務中，小鼠的成績應該與大鼠的成績匹配；c. 小鼠表現出的可以和大鼠比較的行為值得進一步研究，因為該差異有助于理解在空間行為中所使用的種屬特異性策略的不同。

就小鼠而言，在Morris水迷宮中不同株的小鼠的學習記憶成績差異巨大。例如，C57BL/6J、CD-1和DBA/2小鼠是優良的學習者，而BALB/c小鼠不能學會該任務。所以，事先要對自己所用的小鼠是否適合于Morris水迷宮檢測進行評價。但各株在Morris水迷宮中學習成績的好壞可能是相對的，要視所使用的程序而定。例如在C57BL/6J和129T2/Sv株小鼠間，在標準的空間參考記憶程序中（試驗期平臺的位置恒定），兩株有同樣好的成績，但在逐步式學習程序中，C57BL/6J株在各學習階段內的成績都比129T2/Sv株差，而在集中空間學習程序中（平臺的位置每天改變），C57BL/6J株的成績又要好于129T2/Sv株[34a]。

對于水池的大小，Morris初（1981年）用于大鼠的水池是直徑1.32米、高為0.6米，但后來（1984年）改為直徑2.14米 、高0.4米[7a]。對于小鼠的實驗水池，文獻中介紹的迷宮直徑差異巨大，小到0.6米, 大到2.0米[34]。一般而言，過小的水池使小鼠爬上平臺的偶然性增加，任務難度減小。

Morris水迷宮用于大鼠的水溫為26 ± 1℃[7a]，但用于小鼠的水溫一般較低（18~22℃[66]）。近年來，文獻中提及的水溫有逐漸增加的趨勢，一些已達到25℃[40]或26℃[11]甚至28℃。但過高的水溫容易使小鼠產生漂浮（floating）而不急于游泳來尋找平臺，至少對某些株是這樣，如昆明小鼠和SAM小鼠。不過，過低的水溫又可使小鼠體溫喪失過快而對健康有害。我們對青年昆明小鼠進行了水溫對迷宮成績影響的觀察，結果發現27~28℃組的小鼠成績差，而17~18℃組和21~22℃組小鼠的學習成績沒有區別，所以，我們推薦的水迷宮實驗用21~22℃水。